1999年6月12日,弗格森被英女王授爵,表彰他对足球运动的卓越贡献。
1999/2000赛季,曼联在英超中只输3场,领先第二名18分,成功卫冕英超冠军,这是仅次于阿森纳03/04赛季不败以及04/05赛季切尔西只输一场的英超历史上第三好的赛季战绩。2000年4月,曼联本已敲定1800万镑签入埃因霍温射手范尼,但由于荷兰人膝盖重伤接受手术,这次转会被推迟了近一年。
2000/01赛季,弗格森从摩纳哥以780万镑引进29岁的法国门将巴特斯,后者成为英国俱乐部签入的最昂贵守门员。老将谢林汉姆这个赛季成为球队主力,赛季结束后,35岁的英格兰国脚成了曼联的最佳射手,并且当选职业球员联盟和足球记者协会双料足球先生。曼联也获得弗格森执教以来的第7座英超冠军奖杯。
2001年夏,弗格森用1800万签入范尼,随后再以破英超记录的2810万镑价格收购阿根廷中场贝隆。但事实证明,贝隆是曼联最昂贵的错误。01/02赛季只打了两轮,斯塔姆被闪电出售给拉奇奥,转会费1600万镑。因为他在自传中透露,弗格森引进自己时和埃因霍温存在非法交易。曼联引进了国米的36岁中卫布兰克,顶替斯塔姆的位置。这个赛季曼联成绩糟糕,12月竟在7场比赛中输掉6场,创造10年来最差战绩。12月到1月间的9连胜没能挽救红魔的命运,他们最后排名第3,90/91赛季以来第一次跌出前两名。更尴尬的是,阿森纳竟然是在老特拉福德1比0击败曼联后,加冕英超冠军。冠军杯中,曼联在主场占优的情况下被勒沃库森淘汰,无缘决赛。
原本弗格森已经宣布在这个赛季结束后退休,他后来承认,提前宣布退休对球队造成了不良影响。2002年2月,弗格森宣布收回退休的决定,继续执教曼联3年。当时他笑称,球队里大概有一半人反对这个决定。
2002年世界杯后,弗格森用创造英格兰转会记录的3000万镑引进了利兹联队中后卫费迪南德。02/03赛季曼联得到了11年来第8次英超冠军。在03年3月,曼联联赛杯决赛不敌利物浦时,还落后榜首的阿森纳8分,最多的时候他们曾落后18分,但最后却反超枪手8分。依靠保级的利兹联作客3比2击败阿森纳,曼联提前夺冠。
曼联球迷高唱着“我们赢回了我们的冠军”时,没有想到,对利兹联的失利是阿森纳49场不败的开始,而曼联此后三年将彻底无缘英超冠军。这个赛季的足总杯中,弗格森飞靴踢爆贝克汉姆的眉毛,尽管小贝帮助球队夺取了冠军,赛季结束后他还是被卖给了皇家马德里。曼联的92青年军黄金时代,宣告结束……